Οι υδάτινες οδοί της Πράγας αντιμετωπίζουν απειλή για το οικοσύστημα από την εισβλητική νούτρια. Οι υδάτινες οδοί της Πράγας αντιμετωπίζουν μια σημαντική οικολογική πρόκληση. Οι εισβλητικές νούτριες, εισαγόμενα τρωκτικά, αναπαράγονται ραγδαία, αλλάζοντας την ευαίσθητη ισορροπία του τοπικού οικοσυστήματος. Η ακόρεστη όρεξή τους οδηγεί σε σημαντικές ζημιές στη βλάστηση, ιδιαίτερα κατά μήκος των όχθεων των ποταμών και των υγροτόπων.